消費税等を補助対象経費に含めて申請できる免税事業者、簡易課税事業者、消費税額の控除の特例が適用される事業者に任意団体も含まれますか。

含まれます。
但し、税務署に法人税に関する届け出をしていない事業者は対象となりません。