一つの法人格で複数の施設の指定管理者になっている場合は、施設ごとの申請は可能ですか?

施設ごとではなく、法人等単位の申請となります。但し、設置者が異なる地方公共団体の施設の管理を行っている場合は、地方公共団体別の申請を可能とします。